Bốn giai đoạn giao chiến giữa nghĩa quân Yên Thế với quân Pháp được ghi lại cụ thể trong hồ sơ lưu trữ của cả hai phía Việt Nam và Pháp.

      Tài liệu bằng tiếng Pháp về Hoàng Hoa Thám đang lưu giữ tại Trung tâm Lưu trữ Quốc gia Hải ngoại của Pháp có tổng số khoảng 500 hồ sơ. Chỉ tính riêng Phông Phủ Thống sứ Bắc Kỳ (La Résidence supérieure au Tonkin) có tới 410 hồ sơ được đánh số liên tục, từ số 35.929 đến số 36.341, tiếp đến ở Phông Đô đốc và Thống đốc (Amiraux et Gouverneurs)…

      Những hồ sơ này cùng một lượng lớn hồ sơ Phông Phủ Thống sứ Bắc Kỳ lưu tại Trung tâm Lưu trữ quốc gia I (Cục Văn thư và Lưu trữ nhà nước) cung cấp một khối lượng thông tin lớn, xác thực về quá trình giao chiến của nghĩa quân Yên Thế với quân Pháp.

      Toàn bộ quá trình giao tranh này tạm chia làm bốn giai đoạn sau:

      Giai đoạn thứ nhất từ năm 1890 đến cuối năm 1894

      Hồ sơ số 54.742, Phông Phủ Thống sứ Bắc Kỳ, Trung tâm Lưu trữ quốc gia I viết: “vào ngày 23/4/1890, nghĩa quân của Đề Thám mở cuộc giao chiến đầu tiên với quân của Đạo quản sau đó nghĩa quân đã chiếm được vùng Yên Thế từ tay Pháp”.

 

      Hồ sơ số 36.222, Phông Phủ Thống sứ Bắc Kỳ, Trung tâm Lưu trữ Quốc gia Hải ngoại Pháp cho biết từ năm 1890 đến cuối năm 1894, Đề Thám đã lãnh đạo nghĩa quân đánh bốn trận với các viên chỉ huy người Pháp: tháng 11/1890 dưới sự chỉ huy của viên tướng Godin và Đại tá Godard; tháng 12/1890 dưới sự chỉ huy của Đại tá Wjuckelmayer; tháng giêng 1891, dưới sự chỉ huy của Frey; năm 1892 dưới sự chỉ huy của Voyron.

Giai đoạn thứ hai từ cuối năm 1895 đến cuối năm 1897

      Ngày 1/10/1895, viên Toàn quyền Đông Dương Armand Rousseau quyết định tiến hành một hành động mới với Đề Thám, ông ta cho gửi một tối hậu thư tới Đề Thám đề nghị mở một cuộc “thương thuyết”, nhưng Đề Thám không chấp nhận. Vì vậy, ngày 29/11/1895, cuộc giao chiến lại nổ ra.

      Pháp cử viên Đại tá Galliéni đem quân đánh vào căn cứ của nghĩa quân. Cuộc chiến đấu này kéo dài trong hai tháng (từ tháng 11/1895 đến 11/12/1895). Trong trận giao chiến này phía Pháp thiệt hại: 1 lính bộ binh bị giết, 1 bị thương, 8 lính khố đỏ bị giết, 6 lính khố đỏ và 1 lính cơ bị thương.

      Cũng trong thời kỳ này, Pháp tiến đánh vào lực lượng của Cai Kinh kéo dài từ 1896 đến tháng 6/1897 dưới sự chỉ huy của Muselier và Tổng đốc Lê Hoan.

Đến tháng 9/1897 Pháp cử thêm đội quân do Guillaume chỉ huy tiến đánh nghĩa quân Đề Thám với ý định chiếm Lạng Sơn nhưng cũng không đạt được kết quả.

      Giai đoạn thứ ba từ năm 1909

      Trong giai đoạn này Pháp mở 3 đợt tấn công vào căn cứ của nghĩa quân Đề Thám.

Thống sứ Bắc Kỳ Morel thỏa thuận với giới lãnh đạo các lực lượng quân sự Pháp giao cho viên Đại tá Bataille mở đợt tấn công quyết định, đồng thời Morel gửi tối hậu thư cho Đề Thám và cho niêm yết bản tối hậu thư này ở tất cả các làng của Bắc Giang, nhưng ông không trả lời. Vì vậy, ngày 29 tháng giêng năm 1909, quân Pháp huy động quân với sự phối hợp của lực lượng lính khố xanh đã bất ngờ đánh úp nghĩa quân tại căn cứ Chợ Gồ.

      Chiến dịch tấn công của quân Pháp vào căn cứ của nghĩa quân Đề Thám lần này kéo dài hai tháng, gây nhiều khó khăn cho nghĩa quân, con nuôi của Đề Thám là Cả Huynh phải chạy lánh sang vùng Phúc Yên ẩn náu nhờ vào dân.

      Ngày 01/4/1909, viên Đại tá Bataille cùng toàn bộ ban tham mưu rời khỏi căn cứ Chợ Gồ đi đến Bắc Ninh, viên Đại tá Vautravers lên nắm quyền chỉ huy quân Pháp ở Yên Thế thay Bataille.

 

      Trong tháng 4/1909, Đề Thám bị quân Pháp chặn mất đường tiếp viện, con trai là Cả Trọng và con nuôi là Cả Huynh đã bị Pháp giết hại. Tháng 5/1909 Cai Ba, một trong những người thân tín của Đề Thám đã bị Pháp bắt.

Thời gian này Đề Thám thật sự gặp khó khăn, bên cạnh ông lúc này chỉ còn Cai Son là người thân tín nhất. Đề Thám đã phải rời khỏi căn cứ trong rừng ở Yên Thế rồi chạy sang Phúc Yên để hợp lực với Cả Rinh và Ba Biêu (hoặc Biên) để tiếp tục hoạt động.

      Ngày 5/7/1909, viên chỉ huy quân Pháp là Voisin bị nghĩa quân Đề Thám bắt trên đường đi từ Đông Anh về Thái Nguyên, cùng ngày này hai viên chỉ huy quân Pháp nữa là Courandy và Lachal bị nghĩa quân bắn chết ở làng Vệ Linh.

      Trước các sự kiện này, quân Pháp đã phải tổ chức lại lực lượng dưới sự chỉ huy của Thiếu tá Chofflet và Khâm sai Lê Hoan. Đội quân do Thiếu tá Chofflet và Khâm sai Lê Hoan chỉ huy là một lực lượng kết hợp sự chỉ huy cả quân sự và dân sự.

      Đội quân này đã liên tục đánh vào căn cứ của Đề Thám, gây nhiều tổn thất cho lực lượng nghĩa quân. Cuối tháng 7/1909 Đề Thám phải chạy sang Tam Đảo, Ba Biêu ở lại Phúc Yên.

Ngày 05/10/1909, quân Pháp tấn công căn cứ Núi Lãng của nghĩa quân. Đề Thám phải rút vào trong rừng sâu ở Tam Đảo, sau đó sang Chợ Chu.

      Giai đoạn thứ tư (1910-1913)

      Năm 1910, nhờ sự che chở của dân chúng nên Đề Thám vẫn ẩn náu được trong rừng, tuy nhiên hoạt động của ông cũng đã giảm sút nhiều.

      Ngày 2/11/1910, Pháp đặt khu Yên Thế trở lại dưới sự kiểm soát của chính quyền dân sự.

      Năm 1912, Đề Thám liên kết với nhóm nghĩa binh người Mán và Thổ sau đó liên kết thêm với nhóm người Hoa, tất cả chỉ có khoảng vài chục nghĩa sỹ tiếp tục tấn công quân Pháp. Ngày 13/11/1912, nghĩa quân của Đề Thám giết viên Phó đội ở Nhã Nam.

      Quân Pháp đã tổ chức một lực lượng chặn đường tiếp viện của nghĩa quân Đề Thám, vì vậy nhóm người Hoa do Vong Sam chỉ huy đã ra đầu hàng quân Pháp dưới sự môi giới của Lương Tam Kỳ. Đề Thám ở lại Bang Cuc cùng một số nghĩa sỹ thân cận.

      Giai đoạn kết thúc (1913)

      Cuối năm 1912, phong trào khởi nghĩa của nghĩa quân Yên Thế đã coi như ngừng hoạt động. Đề Thám rút vào ẩn náu trong rừng sâu, Pháp đã tốn rất nhiều công sức để truy tìm ông.

 

Hồ sơ số 35.972, Phông Phủ Thống sứ Bắc Kỳ, Trung tâm Lưu trữ quốc gia I còn ghi rõ lời khai của các tên Phan Cao Lũy, Đỗ Thới Lai và Lê Bá Cử như sau: “Nhiều người khôn ngoan, có kinh nghiệm, nhiều mưu mẹo, am hiểu tường tận địa thế mà chúng tôi đã dò hỏi có cách nào giết hoặc bắt được Đề Thám không ? Tất cả đều trả lời: “không thể”, họ còn khẳng định rằng: “không ai có thể giật được món tiền 3.000 đồng treo thưởng đầu Đề Thám đâu”.

      Sau rất nhiều công sức truy tìm, nhờ các tin tức của nhóm người Hoa ra đầu hàng quân Pháp cung cấp, thực dân Pháp đã phát hiện nơi ẩn náu và giết Hoàng Hoa Thám. Cái chết của ông, linh hồn cuộc khởi nghĩa đã chấm dứt nhưng vẫn ghi mãi trong lịch sử một trong những cuộc khởi nghĩa vũ trang chống Pháp lớn nhất, bền bỉ nhất của nhân dân ta trải dài từ thời Cần Vương sang đầu thế kỷ XX.